A FATMA administra as Unidades de Conservação Estaduais - sete da categoria Parque, que é mais flexível quanto aos usos da área e onde o acesso ao público é normatizado mas permitido, e três da categoria Reserva, onde o manejo ambiental é bastante restrito e o acesso só permitido a pesquisadores. São elas:

•  Parque Estadual Acaraí   
•  Parque Estadual da Serra do Tabuleiro
•  Parque Estadual da Serra Furada
•  Parque Estadual das Araucárias
•  Parque Estadual Fritz Plaumann
•  Parque Estadual Rio Canoas
•  Parque Estadual do Rio Vermelho
•  Reserva Biológica Estadual do Sassafrás
•  Reserva Biológica Estadual da Canela Preta
•  Reserva Biológica Estadual do Aguaí
•  Estudos técnicos para a criação do Refúgio Estadual de Vida Silvestre Raulinoa