No Meio-Oeste de Santa Catarina - Lançado em 1987, com 17 indústrias convocadas, principalmente frigoríficos, abatedouros, curtumes e fábricas de papel e celulose. Sua carga poluidora era equivalente aos esgotos de uma população de 646 mil habitantes. Em 1992 essa carga foi reduzida em 69% e uma segunda etapa do Programa entrou em ação, conseguindo chegar a uma redução de 93,8% em 1994. Além do controle da poluição industrial, nessa segunda etapa também foram convocados ao licenciamento ambiental 66 estabelecimentos de comercialização de agrotóxicos e 103 propriedades agrícolas dedicadas à suinocultura.

Na região do Meio-oeste, em março de 98, estavam licenciados ou em processo de licenciamento 3178 empreendimentos com atividades potencialmente causadoras de degradação ambiental. Dentre estes 2.218 são de criação de suínos. Já estão controlados 60% dos efluentes líqüidos do plantel de animais, 32% dos resíduos sólidos urbanos e 15% dos esgotos sanitários através de redes e estações de tratamento coletivos. O controle do esgoto é o que está avançando mais rapidamente. Agora, nesta região, a Fatma está intensificando o licenciamento de atividades de piscicultura e agrotóxicos.

• Baía da Babitonga 

Na região Norte de Santa Catarina - Lançado em 1988, com 45 empresas convocadas, principalmente dos setores têxtil, metal-mecânico e metalúrgico. A carga poluidora, igual a de uma população de 450 mil habitantes, foi reduzida em 75% até 1994. A descarga de 450 toneladas anuais de metais pesados caiu, em média, 95%.
Na Baía da Babitonga está sendo executado o projeto-piloto do Programa de Gerenciamento dos Recursos Hídricos de Santa Catarina, realizado em conjunto pela Agência Alemã de Cooperação Técnica (GTZ) e pela FATMA.

• Bacia do Rio Itajaí-Açú 

Na região do Vale do Itajaí - Lançado em 1989, com 60 indústrias convocadas, principalmente têxteis, tinturarias, beneficiadoras de pescados e fecularias. Até 1992, 35 delas implantaram as estações de tratamento e demais equipamentos solicitados pela Fatma. Em dezembro/92 teve início a segunda etapa do programa, com a convocação de 26 empresas. Atualmente 64 estão com sistemas de tratamento concluídos, duas com sistemas em implantação, seis não iniciaram implantação, nove desativaram o setor poluente e cinco empresas foram desativadas. No início do programa a carga poluidora lançada pelas empresas era equivalente a de uma população estimada em 1.353.643 habitantes e a carga atual é equivalente a uma população estimada em 247.297 habitantes.

• Bacia do Rio Itapocu  

Na região Norte de Santa Catarina - Lançado em 1990, com 42 indústrias convocadas, entre têxteis, metais-mecânicas e frigoríficos. A carga poluidora equivalia a uma população de 310 mil habitantes e foi reduzida em 80% até 1994. Uma segunda etapa prevê a inclusão de seis prefeituras da região, com carga poluidora equivalente a 260 mil habitantes, para tratamento dos resíduos sólidos urbanos.

No Sul do estado - Lançado em 1995 com novas características, que ampliam a abrangência deste tipo de Programa. Nessa região, comprometida por mais de 50 anos de exploração e beneficiamento de carvão, agrotóxicos das lavouras de arroz, dejetos de intensa criação de suínos e resíduos de fecularias, ele visa cadastrar mais de 600 empresas e atividades potencialmente poluidoras. Entram aí também o lixo urbano, rural e hospitalar. O objetivo é reduzir a carga poluidora em 80% e monitorar permanentemente as águas superficiais da Bacia do Tubarão e das inúmeras lagoas da região, criadouros de camarões e várias espécies de peixes. Até este ano, a Fatma emitiu mais de 900 licenças ambientais envolvendo o Programa do Tubarão. Além disso foram recuperados 300 hectares de áreas degradadas pela mineração do carvão.