Para viabilizar projetos especiais, de grande amplitude e efeitos diretos sobre as comunidades e economias envolvidas, e que também requerem tecnologia de ponta, a FATMA mantém convênio com entidades internacionais. Dois deles estão em andamento no momento:

• GTZ - Agência Alemã de Cooperação
  Cooperação Técnica para o Gerenciamento dos Recursos Hídricos em Santa Catarina.

•  JICA - Agência de Cooperação Internacional do Japão 
   É um convênio com a Agência de Cooperação Internacional do Japão, vinculada ao Governo Japonês

• Protocolo de Intenções para Licenciamento da Atividade
  de Rizicultura e Fruticultura.

• PPMA-SC - Projeto de Proteção da Mata Atlântica em Santa Catarina
  Apoiar a consolidação de Unidades de Conservação estaduais e o fortalecimento da fiscalização, licenciamento e moniitoramento ambientais. Projeto co-financiado pela República Federal da Alemanha, através do KfW Entwicklungsbank (Banco Alemão de Desenvolvimento). 

• PNMA II - Programa Nacional de Meio Ambiente 
  Ativo ambiental - desenvolver atividades de recuperação ambiental decorrentes dos despejos de dejetos suínos, nas Bacias do Fragoso e Coruja/Bonito, com a realização do Licenciamento e do Monitoramento Ambiental.  Arquivo para download   

• Microbacias II
  Este Projeto objetiva a implantação de corredores ecológicos em áreas de florestas de araucária, A REGULAMENTAÇÃO DE Leis de conservação e gestão ambiental (SEUC e ICMS - Ecológico), e a consolidação do Parque Estadual da Serra do Tabuleiro - PEST com ações de educação ambiental e de fiscalização. Arquivo para download